如果历年来实行医学部独立招生的医学院也考虑医学院校特殊性质，可以考虑独立办学和合作办学。
比如北京大学医学部+首都医科大学=北京医科大学，只有医学类专业和医学搭载其他专业，比如临床医学英语班、护理学公共卫生管理班，英语专业和公共卫生事业管理寻求广泛合作，包括物理化学法律等，北大清华人大还有其他高校都可以合作，合作要求限定一个地级市内直辖市限定在直辖市内，英语专业尽管在这里有招生可是作为共同和具有附属性招生，所以需要找合作。其他高校提供外语物理化学法律等等方面教育，北京医科大学也可以为其他高校提供医学方面的教育，这种合作限定在没有专业开设当中，比如北京大学没有临床医学所以北京医科大学提供，北京医科大学公共卫生管理缺乏所以由北京大学提供，可以化学生物药学类，可是化学生物不是独立招生的而是具有附属性和共同性在药学类专业，生物化学也是由其他高校提供。不能是A学校有着化学专业招生，那个学校也有这化学专业招生，还有化学合作招生。

北京协和医科大学临床招生不是放在清华招生计划中，毕业就是盖北京协和医科大学一个章，不能是北京协和医科大学有临床北京医科大学有临床搞临床招生合作，目前清华有临床协和医学院有临床两所又搞临床招生合作，当年国家教育部不是没有意识到这些问题，是要求清华大学不开设医学院的。

比如复旦大学医学部独立招生多年，那么独立出来并且合并同济大学医学部，避免同济大学医学院和同济医学院傻傻让人分不清楚，恢复建设上海医科大学。当然不独立，那么招生计划纳入该校招生计划中。

医学本科就是本科，本科统一五年制，可以是临床（英语班、日语班、德语班），也可以是临床药学，临床护理、临床公卫多学科培养。临床八年制本博连读时间不够，而且不利于研究生再次选拔和学生再次选择，即便直博可以，按临床医学招考，在直博二年级开始分科，分科细节度根据各个学校而定。

因为合并方面会造成学校管理压力过大，加之医学特殊性所以考虑有所独立，但是不独立也可以甚至更好，独立出去的医学院必须参与有关合并组建。
比如中南大学目前没有合适的合并因此湘雅医学院继续在中南大学。

川大华西医学部独立合并西南交大医学院和电子科大医学院建立华西医科大学。

南京大学+东南大学合并，两所医学院因为实力不强外调与南京医科大学合并。

而厦门大学医学院就考虑是不是关闭此专业。