早期佛教一开始主要是在探讨：事物在“极微”究竟层面为“胜义实有”，在表象上则是随缘而无常变化的“世俗假有”，“假”依于“实”。较早的部派因认“实有”、（暂时的）“假有”都是“有”，故得名“说一切有部”。此际佛法理论体系初立，“胜义有”思想明显有着古印度“实有论”（ “梵”、“阿特曼”）的影响。
从经量部（唯以佛经为正量而名）起，“外道”思想的影响开始被清除。经量部将“缘起”的性质也推至“胜义”，强调“胜义”是觉者的“不共现量”。认为被说一切有部认作胜义的“无方分极微”、“无时分刹那”、“无为法”，是基于名相分别的“共相法”，不是“胜义”。
大乘佛法成熟时期，龙树明确了“空性”。任何事物都是“缘起性空”，“胜义”、“世俗”都只有唯一的本质“自性空”。即使在较偏倚“心识假有”方便的瑜伽行派中，世亲的论著也大破“极微”，论证“无方分极微”在逻辑上不能成立。中观应成派更是认“清净阿赖耶”也是方便施设，不许为“胜义”。“胜义”只能以否定式表述。
《解深密经》是较完整论述早期佛教向大乘转变的重要经典和实修指导。在《解深密经》中，以解甚深义密义菩萨在佛前答如理比丘之问为引，世尊依次和法涌、善清净慧、善现、广慧、德本、胜义生、慈氏、观自在、文殊诸菩萨一一对答，从始至终无不在强调“一切法无二”、“胜义世俗无别”之“甚深义”、“密义”。从经中所设那些比丘、菩萨之名，即可品味一番渐进次第。其中，答广慧讲了“阿陀那识（即清净阿赖耶）”；答德本讲了“遍计所执相、依他起相和圆成实相”之次第；答慈氏讲了“定慧双运”；答观自在讲了“十地”和“六波罗蜜”。这些构成了注重实修的瑜伽行派（唯识）的基本体系，也是后来无著所传定中闻慈氏开示《瑜伽师地论》的蓝本。善现（须菩提）、德本、慈氏、观自在等身上，都多少带有婆罗门及早期佛教徒的瑜伽（心识相应）修行传统，世尊为之明确“于法假立瑜伽中”的修行次第，允许“自性空”可借“心识”之方便而实证彻证，但关键还是强调大乘的“自性空”思想。最后，《解深密经》以世尊同“慈航倒驾”住菩萨地的“七佛师”文殊讨论“法身无染净”为结，此即为“甚深义”、“密义”。依阿赖耶而修，此即密宗之“密”。
宗教知识其实原本是人类早期积累的朴素的科学认识，如佛法最早把“心识”归纳为眼、耳、鼻、舌、身、意“六识”。后为方便随顺瑜伽师的修行传统，为帮助修行者不受妄念污染获得“六根清净”，瑜伽行派（唯识宗）增设了第七识“末那识”和第八识“阿赖耶识”。“阿赖耶识”又称“藏识”，是修瑜伽行时推设的包含宇宙一切的“种子识”；“末那识”又称“开关识”，它被设定为总是执“阿赖耶”为“我”，凡人皆因它而起“我执”，污染了本来清净的意识及前五识。修行者通过禅定修行，第七识末那识即可转为“平等性智”，与此同时第六识意识即转为无“妄分别”的“妙观察智”，这样前五识便可转为“成所作智”，如此不断薰习，心识终可整体转为“大圆镜智”。唯识的这套修法，总称为“转识成智”。
唯识设定所有众生都本具“清净阿赖耶”（如来藏、光明心、根本心），又假设有一个“染净开关”——“末那识”可作为“转识成智”的关键，这是为了修行时有一个信念和一个抓手，毕竟要让人在各种复杂的因缘环境下都“明心见性”、保持清醒的认知太难了，须有方法。而在几乎所有的大乘佛经中，都会强调不能执“阿赖耶识”乃至“清净阿赖耶”为实有，它只是为修行方便而设。这个推设的阿赖耶或藏传佛教中所称的根本心、光明心，其实就是“空性”的方便说法，设此方便是为便于你训练自己以“空性”观照本来实相，证悟根本圆满解脱。在藏传佛教中，一般会被强调为“明空不二”。
佛陀三转法轮，一转说无常和苦集灭道，阐明诸事无常、一切事物都有其因果；二转说般若性空，所有事物都依赖一定的因缘条件而存在，所以不可能存在各自能独立存在的“自性”，唯一绝对的是“性空”即“空性”，事物的唯一本质就是此不生不灭不常不断不一不异不来不出之空性，以此空性照见的就是实相、实际；三转说如来藏（清净阿赖耶），是指毎个众生的心性都本具二转所说的“空性”，并推设为可以依持的根本心、光明心、清净心，只是凡夫的这个本来清净的根本心被污染遮蔽，藏在深处。这是为你在一切思想行为中能以空性观照而施设的修持所依，是方便和慈悲。因三转所说之如来藏、光明心、根本心，是指空性与所有众生本来心性的无二融合，所以也是最彻底的慈悲与方便，初发此心常称作发“菩提心”。因它的本质即不落两边（常、断）的空性，若执此“明”（根本心识、清净阿赖耶）为绝对的本体实有，即堕入“神我外道”和“常见”；而执于否认由空性安立的世俗因果实相，即堕入“断见”。
佛法的核心是讲“缘起性空”，事物永远随缘而变，没有自性。所谓“阿赖耶识”乃至“清净阿赖耶”只是为方便你证悟空性的假设，它其实就是空性，视其为实有，就不是纯正的佛法。这个立场一般也是中观对执唯识者最通常的警告或纠偏，当然他们并不否定唯识的修行方便，但强调“明空不二”。
阿赖耶概念脱胎于古婆罗门教“梵”之类的认识。人类在其童年大多认为世界有一个永恒的本体。早期佛教在见地上还未完全脱离这种本体论，说一切有部认世俗层面是缘起性空，胜义层面存在作为清净本体的“胜义有”，即“无方分极微”、“无时分刹那”、“无为法”。虽然“胜义有”已是对“空性”的最早描述，但因执“有”，后来不被大乘佛法视作究竟的胜义谛。大乘将“缘起性空”彻底贯彻，“胜义有”也是缘起性空，真正证空性即明胜义世俗无别。缘起即世间，本质是空性；缘灭即寂灭，更是空性。修深禅时，若诸缘不起，那么实相里也无任何现象生起，此为“亲见空性”。“见空性”即菩萨位，瑜伽师若亲证空性，便能断除一切所知障成为初地菩萨，其行为即称作“空行”，虽入世但已明缘起即性空。
在龙树的《大智度论》中，只提六识而未提阿赖耶，中观应成派的月称则认为没必要在六识之外再增设第七识第八识。“唯识”其实是为方便随顺当时印度沙门的瑜伽修行传统。较早明确提到阿赖耶（阿陀那识）的即唯识早期经典《解深密经》，但此经中反复强调的是“于法假立瑜伽中”，指明是依“假”而修，最终证悟空性不二。阿赖耶即空性，经中提到阿陀那识时还特别作出了“我于凡愚不开演”的门槛警告。

2015