（二）改革开放后，我国高校内部微观管理体制的改革
首先，在高校内部的领导管理体制上进行了改革：1985—1989年，逐步实行校长负责制的试点；1989年至今，实行学校党委领导下的校长负责制。
在1985年5月发布的《中共中央关于教育体制改革的决定》规定：“学校要逐步实行校长负责制，有条件的学校要设立由校长主持的、人数不多的、有威信的校务委员会，作为审议机构”。规定同时明确要求：“学校中的党组织要从过去那种包揽一切的状态中解脱出来，把自己的精力集中到加强党的建设和加强思想政治工作上来；要团结广大师生，大力支持校长履行职权，保证和监督党的各项方针政策的落实和国家教育计划的实现”。
按照这些规定，先后有103所高校进行了实行校长负责制的试点。但在1989年六•四事件之后，中共中央做出决定，高等学校仍然实行党委领导下的校长负责制。
当时的国家教委主任李铁映在全国高等学校工作会议上的讲话中指出：“总结实践经验看，党委领导下的校长负责制更加适合我国高等学校的实际情况和工作需要”，“今后一个时期，不再扩大校长负责制的试点范围。无论实行哪一种体制，都要加强党对学校的领导”。[[[]转引自杨德广，高等教育管理学[M]，上海：上海教育出版社；2006:91.]]之后，从法律上对这一领导体制做出规定。在1998年8月颁布的《中华人民共和国高等教育法》中的第三十九条中规定：“国家举办的高等学校实行中国共产党高等学校基层委员会领导下的校长负责制”。并且在《高等教育法》中对学校党委和校长的职责都做了明确的规定。
学校党委的领导职责主要是：“执行中国共产党的路线、方针、政策，坚持社会主义办学方向，领导学校的思想政治工作和德育工作，讨论决定学校内部组织的机构设置和内部组织机构负责人的人选，讨论决定学校的改革、发展和基本管理制度等重大事项，保证以培养人才为中心的各项任务的完成”。
《高等教育法》在规定学校重大事项由校党委集体讨论决定的同时，又明确具体地规定了校长的职权：“高等学校的校长全面负责本学校的教学、科学研究和其他行政管理工作，行使下列职权：①拟订发展规划，制定具体规章制度和年度工作计划并组织实施；②组织教学活动、科学研究和思想品德教育；③拟订内部组织机构的设置方案，推荐副校长人选，任免内部组织机构的负责人；④聘任和解聘教师以及内部其他工作人员，对学生进行学籍管理并实施奖惩或者处分；⑤拟订和执行年度经费预算方案，保护和管理校产，维护学校的合法权益；⑥章程规定的其他职权”。
同时规定在高等学校中设立学术委员会，以加强对学术工作的领导和管理。
可见，新时期我国高等学校的内部管理体制把个人负责和集体负责、“一长制”和“委员会制”两种形式结合了起来，以发挥两种领导体制各自的优点。增设学术委员会，则有助于发挥高校中学术力量在管理中的作用，保障学术权力的行使，真正为“教授治校”提供用武之地。相比于以往的校内领导体制，这次改革明显有了很大的进步。
其次，随着高等教育的发展和转变政府职能要求的提出，在最近的中长期教育发展规划中要求建立现代大学制度，进行去行政化改革。这也是切合我国实际而提出来的改革要求。
建立现代大学制度实质上也是与上述改革相适应的。因为建立现代大学制度的根本之点，还是要求正确地处理政府与高校的关系，扩大高校办学自主权，完善高校的产权制度，落实高校的法人地位。而去行政化改革则是转变政府职能、节约行政资源、提高绩效等要求在高等教育上的反映。长期以来，我国高校存在着“官本位”的特征，高等学校是比照政府部门的级别来确定等级的，如某些著名大学和重点高校是属于副部级单位；而地方院校则属于厅级或副厅级单位等。目前，我国的“985”高校为副部级，公办本科学校为正厅级，高职高专为副厅级，其党委书记、校长也相应为副部级、厅级、副厅级干部，学校内部又有相应的处级、科级部门。因而高校的各种行政职务也是参照政府行政人员的职位来定级的。这不但给人一种视大学为官衙的感觉，而且在经济报酬、福利待遇等各方面也增加了政府的不少负担。因此，去行政化就是要去掉大学中各种管理人员的“官衔”，还原其教育者的本来身份。在《国家中长期教育改革和发展规划纲要(2010—2020年)》中把大学去行政化的基本内涵表述为“克服行政化倾向，取消实际存在的行政级别和行政化管理模式”。有研究者认为，“大学去行政化”必然要求克服行政化倾向、取消实际存在的行政级别和行政化管理模式，在学校外部推进政校分开、学校内部实行管办分离，还大学学术组织的本质属性。[[[]郭平，大学去行政化研究现状与当下之思，2011,《黑龙江高教研究》第11期.]]
(三）我国现阶段高等教育管理体制存在的问题
由于我国现阶段实行的高等教育管理体制较好地总结了历史经验，也借鉴了外国高等教育管理的一些具体方式，如引进市场化的管理策略、建立各种中介组织、加强高等教育立法等；当然，关键是我国对高等教育的发展规律有了更进一步的认识，这与广大高等教育研究者和从事实际工作的高等教育管理人员们的努力是分不开的；因而它具有历史的进步性和更好的适应性。但这种适应是全局性和方向性的适应，在具体的管理过程中仍然存在着许多问题：譬如，如何在实践层面上处理中央政府与地方政府在管理高等教育权限上的划分——地方政府管理的高校增多了，统筹决策权加强了，责任也随之加大，但实际的管理权限是否也得到恰如其分地扩充呢？这显然是有待考虑的问题。而在诸多问题中，教育经费问题自然是最重要的问题——这不仅表现在经费总量的相对短缺上，也表现在各级政府在经费拨给上的权限和责任：由于我国高等教育经费管理体制要求以地方政府统筹协调为主的同时，中央政府对地方高校仍然负有教育经费上转移支付的责任；既然有经费上的控制权，对地方高等教育也就仍然有相当的管理权。更何况，其它的政策、法律、信息、咨询、评估等宏观调控手段也无不增加中央教育行政的权威和中央政府对高等教育的控制能力。因此，由于这种复杂关系的存在，两级政府的合理权限划分在实践中是有一定的难度的。又如，扩大高校办学自主权，在我国不仅在政策方面难以突破，就是在实际操作过程中都还必须有相关部门监管，才能保证这种自主权的真正实现，而自主权究竟能扩大到何种限度也是不可言说的问题。各国高等教育市场化改革的经验表明，各种教育要素的定价是市场化的关键；但我国许多教育权限仍在政府手中，比如招生、科研、学科专业和课程等，这种政府的指令或计划是否与各种市场化策略相悖，是否有可能阻碍经费筹措体制、招生就业体制、办学体制等方面的改革，这又如何解决？还有高等教育的均衡发展问题，目前出现的毕业生就业难问题等，也应该是高等教育管理体制改革中应该深入探讨的问题。至于转变政府职能、改革管理方式等管理上的一些具体问题，那就更无须待言。所以，有些学者认为我国的教育体制仍然存在着下列问题：

(但）从总体上讲，教育还不适应全面建设小康社会的新要求，教育体制改革相对滞后，亟待深化。主要表现在：城乡、区域和学校之间教育资源配置不均衡，教育基本公共服务体系有待完善；政府教育管理职能转变进展缓慢，政府管理教育的职责、权限和管理方式需要进一步明确，教育行政部门统筹权限需要进一步加强；政府、学校、社会的关系尚未理顺，政府对学校行政管理过多过细，监督监管制度不完善；高校内部管理存在行政化倾向，自律机制、民主监督制度以及学校与行业、企业和社会合作互动的制度不完善；公办教育和民办教育共同发展的制度体系尚不健全，民办学校法人属性不明，营利与非营利边界模糊，扶持优惠政策未能落实到位；教育教学和人才培养体制不利于学生全面和谐发展和创新人才脱颖而出。[[[]谈松华、谢维和，教育改革与制度创新研究，2010，《教育研究》第7期.]]

这些问题似乎也是我国高等教育管理体制中存在的问题。