曾国藩接旨，不敢怠慢，即刻入京面圣。
慈禧太后道：上月，李鸿章督率半数淮勇入津，尔等相见，相谈甚欢乎？
曾国藩道：启禀皇上、母后皇太后、圣母皇太后，李鸿章曰，天津教案，非斩杀二十余凶犯，不能平息众怒；稍后谈及前江督，李又言马新贻威望过轻，难以震慑伏莽，长江从此多故也。
慈禧太后道：左宗棠亦乃曾臣举荐，左臣以为，金积堡即破，暂不宜斩杀马化龙，待收复王家疃后，再据罪恶轻重，重者诛夷，轻者迁徙。
曾国藩道：启禀皇上、母后皇太后、圣母皇太后。陕甘茴乱，绵延十载，死伤百万，不诛匪首，不足以平民忿。
慈禧太后道：速传谕旨，左宗棠倘若擒得匪首马化龙，届时不得以收复各处为乞恩，以申国法，而快人心。曾臣身体好否，近日可否去那江南？
曾国藩道：启禀皇上、母后皇太后、圣母皇太后，微臣罪该万死，但待沉疴稍轻，即刻启程南下。
十二月十二日，张之万再奏：凶犯张汶祥曾从发捻，复通海盗，因马新贻前在浙抚任内，剿办南田海盗，戮伊伙党甚多。又因伊妻罗氏为吴炳燮诱逃，曾于马新贻阅边至宁波时，拦舆呈控，未准审理，该犯心怀忿恨。
适在逃海盗龙启等复指使张汶祥为同伙报仇，即为自己恨，张汶祥被激允许。该犯旋至新市镇私开小押，适当马新贻出示禁止之时，遂本利俱亏。迫念前仇，杀机愈决。
同治七、八等年，屡至杭州、江宁，欲乘机行刺，未能下手。本年七月二十六日，随从混进督署，突出行刺，再三质讯，矢口不移其供，无另有主使各情，尚属可信。
慈禧太后观张之万奏章，道：凶犯张汶祥为洪秀全余党，其戕新贻，真乃海盗挟仇，别无主谋者？杀父之仇夺妻之恨，不共戴天也！凶犯不对仇家下手，竟寻朝廷命官泄愤，甚悖于常情也！
慈安太后道：刺马之案，延宕半载，至今不实不尽；张之万、魁玉等究办无力，殊属可恨！
恭亲王奕訢道：启禀皇上、母后皇太后、圣母皇太后，奴才以为，张之万等梧鼠技穷，再审亦无确信。原直隶总督、现两江总督曾国藩老成宿望，乃江宁安澜所赖；然其迟不赴任，务必再行督促。
慈禧太后道：速即明发上谕：马新贻以总督重臣，突遭此变，案情重大。张汶祥所供挟恨各节，暨海盗龙启等指使情事，恐尚有不尽不实；若遽照魁玉等所拟，即正典刑，不足以成信谳。前已有旨，令曾国藩于抵任后，会同严讯，务得确情。曾国藩行前，务必再次进京陛见。
慈安太后道：曾国藩以目疾为由，屡推不就，不知是何心思？
慈禧太后道：两江事务殷繁，职任綦重；曾国藩前在江南多年，情形熟悉，措置咸宜，现虽目疾未痊，但得该督坐镇其间，诸事自可就理，该督所请另简贤能之处，著毋庸再议。
曾国藩接旨，再入京师。
慈禧太后道：尔何时起程？
曾国藩道：启禀皇上、母后皇太后、圣母皇太后，微臣二十三日起程南下。
慈禧太后道：天津教案，凶犯正法否？
曾国藩道：尚未行刑。俄、法二国公使即将派人验看，是以未能遽杀。
慈禧太后道：李鸿章拟于何日行刑？
曾国藩道：臣接李鸿章来信，拟于近日将该犯等行刑。
慈禧太后道：尔目尚能视否？
曾国藩道：右目已不能视，左目尚能窥见光明。
慈禧太后道：为国操劳，方致此疾，泱泱大清，得亏有尔。马新贻校场遇刺，岂不甚奇？
曾国藩道：确亦甚奇。
慈禧太后道：马新贻可为良吏？
曾国藩道：马新贻办事和平精细，可为良吏。
慈禧太后道：左宗棠奏言，西北茴乱各逆，重者诛夷，轻者迁徙，尔以为如何？
曾国藩道：切不可存南郭之仁！杀人诛心，擒贼擒王！
慈禧太后道：马化龙屡屡请降，金积堡唾手可得，左宗棠却围而不攻，亦如前时之金陵围城；一味结硬寨打呆仗，左宗棠何意？
曾国藩道：兵者，千变万化；将在外，自可随机应变。微臣难临其境，不敢擅自揣度其用意。
慈禧太后道：尔在直隶练兵成否？
曾国藩道：前任督臣官文练兵四千，臣练兵三千，共计七千；臣已与李鸿章商明，拟再练三千，合成一万。
慈禧太后道：江南练兵，亦是紧要；洋人跋扈，务筹万全扼制之策。
曾国藩道：洋人实在可恶，现无战事，惟当防患于未然；臣拟于长江紧要之处，修筑炮台，以防洋船。
慈禧太后道：洋人多事，动辄祭出坚船利炮；教堂亦多事，时时惑人心智，横生事端。
曾国藩道；洋人教堂，近年多有滋事；明年与法国换约，须将传教一事加意整顿。
慈禧太后道：练兵之事，务与李鸿章详细协商，南北相通，互补有无。
曾国藩道：谨遵皇上、母后皇太后、圣母皇太后训令，微臣迅即启程南下，秉公办理前江督马新贻被刺一案。

国藩行前，再召直隶总督李鸿章，道：天津教案、江马遇刺、左公剿茴三事并发，少荃以为，孰为紧要？
李鸿章道：启禀恩师，天津教案，恩师业已厘定是非，少荃只须萧规曹随，赚一便宜。两江地大物博，恩师至，一切迎刃而解。惟西疆边陲，已被贼匪阿古柏侵占五载；英、俄二夷，撺掇其后，亦是虎视眈眈。然甘陇之茴乱，左公久拖不决；鸿章以为，长此以往，西疆凶多吉少。
曾国藩道：少荃差矣！左宗棠在，西疆无恙。左宗棠督兵十载，竟无一丝一毫之贪迹；为国尽忠，以左宗棠为冠，大清国幸有左宗棠也。
李鸿章道：惟此次西北剿匪，左公甚是踟蹰。
曾国藩道：兵马未动粮草先行，左部粮饷不继，徒乎奈何！论兵战，吾不如左宗棠；当今世上，兵战造诣，超越左宗棠者，寥寥无几。刘铭传后来居上，亦乃旷世难逢之帅才，然其不甘人下，故易退难进。
李鸿章道：恩师所言极是，刘省三兵战得方，恃才而傲，愈发桀骜不驯。吾必再行督催，促其砥砺奋进。刘部现置无事之地，徒耗光阴，恩师可否言说一二，调其于左公麾下，以效死力。
曾国藩道：不可！人以群聚物以类分，左宗棠平生惟一信服之人，胡林翼也；二公纵谈阔步，气豪万夫，狂谓世人皆无才；纵如骆秉章者，左宗棠尚且以傀儡呼之。刘省三才气无双，然性情孤傲；左、刘共处，冰火不相容也。再者，世上哪有什么功盖天下而主不疑位极人臣而众不嫉，尔与左彼此相轻、互相制衡，方可相安无事；倘若拧作一股，祸患自生。
李鸿章道：恩师金玉良言，鸿章必当铭记。
曾国藩道：当初金陵得克，吾擅裁湘勇，本意将心倾付明月；奈何五六年来，备受挫辱；吾数十万湘楚健儿今若雄峙江表，安有江马遇刺之龌龊事情。鸟尽弓藏兔死狗烹，自古一理；吾湘之前车，尔淮之后辙也。
1870年12月12日，曾国藩游移三月，终抵金陵，赴任首日，怒斥安徽学政殷兆镛：尔主持乡试，妄以《若刺褐夫》做题，蛊惑学子，诋毁疆圻重臣，尔知罪乎？
殷兆镛道：乡试事关国家人才选拔，万千诸事，皆可作题，卑职决无影射之意，恳请曾大人明鉴。
曾国藩道；视刺万乘之君，若刺褐夫！刺杀王侯将相，如刺杀一布衣白丁；尔借题发挥，误人子弟，实属可恨！待吾奏请圣上，褫尔职治尔罪，看尔如何逍遥。速传本督令，即日起，有关前马督遇刺一案，无有确凿证据，胆敢再言渔色负友、通茴卖国、买凶行刺者，严惩不怠！
是夜，曾国藩私会江宁布政使梅启照，师生礼毕，梅启照道：马新贻遇刺一案，想必恩师已有定论。
曾国藩道：平心而论，马新贻确属良吏能臣。于公于私，吾应秉公办案，为马大人昭雪沉冤。然此案玄机重重，一着不慎，兵燹复起于江南。
梅启照道：恩师所言极是，满将魁玉、漕督张之万隐而不发，亦为此故。
曾国藩道：想当年，发、捻交乘，马新贻追随袁甲三，力保临淮，坚守蒙城，厥功甚伟；尔后擢任督抚，持躬清慎，治防井井，所在有声。然近年以来，其却不谙时务，一味标新立异；《周易》革卦曰：大人虎变，小人革面，君子豹变；马大人之君子豹变，终不敌仇家挟嫌报复也。
梅启照道：恩师高见，恩师一锤定音，江南复熙熙而攘攘，吾大清之福也。
曾国藩道：江案错综复杂，二满汉重臣半年不得其解，吾何许人也，安敢一锤定音！世间万事自有因果报应，筱岩兄且随吾漫步江南，静候两宫训示。
曾国藩赴任月余，杳无确音，慈禧太后心忧。
太常寺少卿王家碧上疏：江苏巡抚丁日昌之子被案，应规马新贻查办，请托不行，致有此变。
恭亲王奕訢怒斥王家碧牵强附会。
慈禧太后道：前两江总督马新贻遇刺一案，熬审半载，并无确音，坊间却有渔色负友、通茴卖国、买凶行刺、挟嫌报复四音聒噪。
慈安太后道：这买凶行刺，又有丁日昌买凶、湘将黄翼升买凶、反洋教者买凶等三种传言。
慈禧太后道：煌煌大国，如此任由谣传，成何体统！务必遴选一得力大员，会同曾国藩，周密审办，尽早结案。
奕訢道：启禀皇上、母后皇太后、圣母皇太后，刑部尚书郑敦谨清廉公正，升堂断案无不精通；郑至江南，大有裨益。
慈禧太后道：速传谕旨，着再派郑敦谨驰驿前往江宁，会同曾国藩将全案人证，详细研鞫，究出实在情形，从严惩办，以申国法。郑敦谨随带司员，刑部满郎中伊勒通阿、刑部汉郎中颜士璋，着一并驰驿，与候补道孙衣言、袁保庆一道，咸与会审。郑敦谨南下之前，务必进宫陛见。
1871年1月7日，刑部尚书郑敦谨应召入宫。
慈禧太后道：听闻尔为官清廉、铁面无私，升堂断案无所不能；前两江总督马新贻遇刺一案，能否究出实在情形，得一确音，严惩凶犯，祭奠亡人，销案归档。
郑敦谨道：启禀皇上、母后皇太后、圣母皇太后，微臣必当明察秋毫，定将此案审个水落石出。

2月18日，郑敦谨抵达金陵，连讯十四日，无果。
是日，马新贻之子马毓桢叩访跪拜，且道：家父绝无渔色负友之事情，尚望郑大人为家父洗脱不白之冤。
郑敦谨赶紧搀扶，道：马贤侄快快请起，传言漏洞百出，不值一哂。同治四年，马新贻大人擢升浙江巡抚，人已离徽，何有与张汶祥、曹二虎结拜一说！贤侄以为，马大人遇刺，何人主使？
马毓桢环顾左右，欲言又止。
郑敦谨屏退左右，道：满将魁玉、漕督张之万、前直督曾国藩前审后继，然皆不得确情，两宫太后万分恼怒，郑某人纵有万斤肝胆，亦不敢造次，贤侄不必顾虑，有话不妨直言。
马毓桢方道：家父临终，反复叮咛，万不可赴京申冤告状；忍气吞声，方能自保。
郑敦谨道：马大人或许已知幕后主使之人。
马毓桢道：同治六年，家父闽浙总督任上，接旨赴京陛见请训，西宫太后十余次召见，家父汗浸衣衫、面色苍黄、不喜反忧；回乡祭祖，更是战战兢兢；尔后赴闽，中途即被调补两江，悠悠两载，客死异乡。
郑敦谨道：马大人上马缉贼，下马理政，办事公勤，盐政、河工、海防等无所不通，只可惜天不假年，仅积五十年之岁月。郑某不才，烦请贤侄安心，郑某必定秉公办理，还马大人一个公道。
郑敦谨送别马毓桢，急召刑部郎中颜士璋，道：吾已查得，马总督遇刺，绝非私怨所致。马总督亡故，惟一受益者，湘人也。其时，曾公正忙于处理天津教案，焦头烂额、心力交瘁之际，或许无力兼顾两江事情；再者，直隶、金陵相距千里，曾公即便发号施令，已是鞭长莫及；孰人敢冒天下之大韪，悍然而击？
颜士璋道：人犯凶狡异常，坚不吐实，何不大刑伺候，棍棒交夹之下，孰人忍得？
郑敦谨道：投鼠忌器矣！尔若主审，尔敢用刑乎？屈打成招，胡言乱语；抑或一击毙命，天大之干系，尔我担当不起。
颜士璋不再言语，悻悻而退。郑敦谨愁思之际，江宁营务处总管袁保庆求见。
郑敦谨赶紧道：快请！
袁保庆觐见礼毕，道：属下有一事，禀报大人，或可解开马新贻大人遇刺之谜团。
郑敦谨道：快请讲！
袁保庆道：天津教堂案发，洋人军舰蜂拥而入，游弋于天津海口；马新贻大人奏请长江水师调防上海，以备不虞。六月二十五日，黄翼升接调防圣旨，六月二十六日，马大人校场阅射遇刺。凡此种种，纯属巧合，其中并无因果关系，郑大人信乎？
郑敦谨叹曰：风云际会，因缘巧合，遐思无穷矣！
当夜，江宁将军魁玉来访，一番客套后，魁玉道：前两江总督遇刺以后，三日之内，朝廷连下四道谕旨，其中三道明发，一道密谕安徽巡抚英翰，加强长江防务，防患两江兵变。其中是非曲直，一目了然。
郑敦谨道：既知其中是非，魁、张二大人何不秉公执法，为朝廷消弭绝世之大患！
魁玉道：郑大人说笑！吾乃愚钝之人，力所不能及处，安敢逞强！张之万大人更甚，坊间传颂，漕帅出恭，警卫两百精兵，已成笑谈。
郑敦谨道：发逆荼毒中国，戕民数千万计；湘楚勇丁，十载鏖战，方挽狂澜于既倒扶大厦于将倾。而今之江南，市肆生平，笙歌弥漫；田不杂乱，落英缤纷。马新贻大人既死，亦是含笑九泉也。
魁玉笑曰：即如此，只能而已矣！
魁玉别后，郑敦谨连夜拜访曾国藩。
国藩受宠若惊，亲沏香茗，拱手相送。
郑敦谨视若无睹，只道：前江督遇刺一案，曾大人何意？
曾国藩道：马案牵扯甚广，一着不慎，甚难收网。吾意，依葫芦画瓢，仍照魁、张二公原奏之法奏结。
郑敦谨道：张汶祥曾从发逆，复通海盗，因马新贻惩办南田海盗，戮其伙盗甚多，因此挟仇报复。吾与曾大人、魁玉、张之万等皆呈此论，两宫徒呼奈何！
曾国藩道；复再提审人犯乎？
郑敦谨道：口供俱全，且无翻供，不必多此一举。
1871年3月19日，曾国藩、郑敦谨联衔上奏：臣等会同复审凶犯行刺缘由，请仍照原拟罪名及案内人犯按例分别定拟。案犯张汶祥听受海盗指使并挟私怨行刺，实无另有主使及知情同谋之人。
该犯曾随发逆打仗，又敢刺害兼圻大员，穷凶极恶，实属情同叛逆，应按谋反大逆律问拟，拟以凌迟处死，摘心致祭。
候补道孙衣言原隶马新贻麾下，虽参与会审，却不敢多言，私谓好友颜士璋道：贼悍且狡，非酷刑不能得实，而叛逆遗孽，刺杀我大臣，非律所有，宜以经断，用重典，使天下有所畏惧。而狱已具且结，衣言遂不书诺。呜呼！衣言之所以奋其愚戆为马公力争，亦岂独为马公一人也哉。
颜士璋道：刺马案与湘军有关，背后有大人物主使，吾等只可意会。刑部尚书郑青天外惭清议内疚神明，圣旨未到，即欲别离金陵，问心有愧矣！
钦差大臣郑敦谨不候圣裁，执意北上；曾国藩甚是难堪，屡屡好言相劝不得，依例奉送程仪五百。
郑敦谨收纳五百纹银，亦不言谢，悉数分发颜士璋、伊勒通阿等，尔后登船启碇，扬长而去。
曾国藩叹曰：烟花三月下扬州，郑大人迫不及待也！
幕客赵烈文道：启禀涤帅，郑大人恼怒者，前马督遇刺之案也！郑青天之名，毁于此旦，安能不愤！
曾国藩道：郑大人不谙国是，只究于细末，小肚鸡肠也。驻直三载，愁忧无限。两宫才地平常，见面无一要语；皇上沉默，无从测之；时局尽在军机奕訢、文祥、宝鋆数人。恭亲王极聪，但晃荡不能立足；文祥正派而规模狭隘，亦不知寻人辅佐；宝鋆忠厚有余，但威望不足，根基尚浅。
赵烈文道：褀祥之变，两宫只究首犯，尔后与恭亲王共辅圣上，治乱持危，亦算相得益彰；而今洋务四起，庶民有业，王朝渐趋中兴，抽心一烂之说，吾痴人言梦矣，涤帅不必当真。
曾国藩道；惠甫勿打诳语，吾虽日夜望死，然却忧虑生灵再遭涂炭。当务之急，西北茴乱未靖，新疆又被外人侵占，吾今惟一可作之事，多筹粮饷物资，襄助左公成就西征大业。吾病体难痊，今后国事惟有依恃左公与李少荃也。
赵烈文道：启禀涤帅，津案、马案皆结，左公剿茴得力，大清国事渐定，涤帅毋须再忧；而今之江南，杂花生树，鸢飞草长，涤帅倘若心静如水，必定寿比那南山。
曾国藩道：惠甫又打诳语。人曰吾杀贼功高，百战余生真福将；和戎罪大，早死三年是完人。天津教案之处置，吾积年清望几于扫地以尽矣，京师湖南同乡如郑敦谨者，尤引为乡人之大耻也。然李少荃接办津案，却亦顺分顺水，何也？
幕客赵烈文道：启禀涤帅，李少荃者，涤帅常言其眼明手辣，尤擅公牍，且通洋务。
曾国藩道：前岁剿捻，钦篆转换，李少荃仅遣一幕客交接；昨日之津案，李少荃移花接木，去留之得当、杀伐之果断，吾不能也！李少荃拼命做官，确属眼明手辣！